2007年5月16日，北京市第一中级人民法院公开开庭审理郑筱萸涉嫌犯受贿罪、玩忽职守罪一案，并于5月29日作出一审判决，认定郑筱萸犯受贿罪，判处死刑，剥夺政治权利终身，没收个人全部财产；犯玩忽职守罪，判处有期徒刑7年，决定执行死刑，剥夺政治权利终身，没收个人全部财产。宣判后，郑筱萸不服，提出上诉。北京市高级人民法院经公开开庭审理于6月22日作出二审裁定，驳回上诉，维持原判，并依法报请最高人民法院核准。
最高人民法院经复核，确认一、二审认定的案件事实。1997年6月至2006年12月，被告人郑筱萸利用担任国家医药管理局、国家药品监督管理局、国家食品药品监督管理局局长的职务便利，接受请托，为八家制药企业在药品、医疗器械的审批等方面谋取利益，先后多次直接或通过其妻、子非法收受上述单位负责人给予的款物共计折合人民币649万余元。2001年至2003年，郑筱萸先后担任国家药品监督管理局、国家食品药品监督管理局局长期间，在全国范围统一换发药品生产文号专项工作中，严重不负责任，未做认真部署，并且擅自批准降低换发文号的审批标准。经抽查发现，郑筱萸的玩忽职守行为，致使许多不应换发文号或应予撤销批准文号的药品获得了文号，其中6种药品竟然是假药。
最高人民法院复核认为，被告人郑筱萸身为国家工作人员，利用职务便利，为他人谋取利益，非法收受他人财物，其行为已构成受贿罪；郑筱萸对药品安全监管工作严重不负责任，不认真履行职责，致使国家和人民的利益遭受重大损失，其行为已构成玩忽职守罪。郑筱萸作为国家药品监管部门的主要领导，利用事关国家和民生大计的药品监管权进行权钱交易，置人民群众的生命健康于不顾，多次收受制药企业的贿赂，社会影响极其恶劣，受贿数额特别巨大，犯罪情节特别严重，社会危害性极大，依法应当判处死刑。其虽有坦白部分受贿犯罪事实和退出部分犯罪所得的情节，但不足以对其从轻处罚。郑筱萸的玩忽职守行为，致使国家药品监管严重失序，给公众用药安全造成了极为严重的后果和极其恶劣的社会影响，犯罪情节亦属特别严重，应依法惩处，并与所犯受贿罪数罪并罚。一审判决、二审裁定认定的事实清楚，证据确实、充分，定罪准确，量刑适当，审判程序合法。遂依法核准北京市高级人民法院维持一审对被告人郑筱萸决定执行死刑，剥夺政治权利终身，没收个人全部财产的刑事裁定。
温家宝主持国务院常务会议 研究郑筱萸案件查处工作
国务院总理温家宝24日主持召开国务院常务会议，听取监察部关于国家食品药品监督管理局原局长郑筱萸严重违纪违法案件调查情况汇报，对进一步查处案件提出了明确要求，对加强食品药品监管和政府廉政建设作出了部署。
北京市第一中级人民法院29日上午对国家食品药品监督管理局原局长郑筱萸案作出一审判决，以受贿罪判处郑筱萸死刑，剥夺政治权利终身，没收个人全部财产；以玩忽职守罪判处其有期徒刑7年，两罪并罚，决定执行死刑，剥夺政治权利终身，没收个人全部财产。
中央纪委监察部3月1日公布，国家食品药品监督管理局原局长郑筱萸严重违纪受到开除党籍、行政开除处分。对其涉嫌犯罪问题移送司法机关依法处理。
公布称，经查，郑筱萸在任国家药监局局长期间，利用职务便利，为一些医药企业谋取非法利益，本人或伙同其妻、子收受财物折合人民币数百万元；在药品监管工作中严重失职渎职，造成严重后果。
政协十届常委会第十六次会议通过决定，撤销邱晓华、郑筱萸全国政协委员资格。
监察部副部长屈万祥7日在全国食品药品监督管理工作座谈会上讲话强调，各级食品药品监管部门要正确认识郑筱萸案件的严重性和危害性，从中汲取深刻教训，切实加强干部队伍建设和廉政建设，落实国务院整顿和规范食品药品市场秩序专项行动的要求和部署，更加有效地加强食品药品监管工作。
全国政协委员、中华医学会会长钟南山说，国家食品药品监督管理局原局长郑筱萸因腐败落马，暴露出相关监督机制不健全。
